La obra se abre con un proemio en el que se muestra el carácter pedagógico del libro. Establece un nuevo método con nuevas razones para ayudar a salir a los infieles de su error, y en el mismo proemio se presentan los personajes que van a protagonizar la trama. En primer lugar, aparece el gentil, protagonista de la obra. Es un hombre que busca el conocimiento y la sabiduría, y se le presenta como un docto y experimentado filósofo que medita sobre la muerte. Está triste y melancólico; solloza porque sabe que va a morir y desconoce lo que hay después de la muerte. Piensa en el misterio de la vida que le lleva a su trágico final y se plantea el problema de la existencia de Dios. Aparece como un observador revestido de neutralidad, como hombre inteligente que no se ajusta a ningún perfil religioso de la época (judío, cristiano o musulmán). En este ambiente de nomadismo, envuelto en un mar de dudas, el gentil huye de su tierra natal en busca de respuestas hasta llegar a un lugar idílico, en contraste con su desolación interior. El gentil siente angustia y no encuentra la razón de su existencia. Después, Raimundo Lulio presenta a los tres sabios, que son mostrados como maestros doctos. Uno es judío, otro cristiano y otro musulmán. Salen de una ciudad para buscar descanso debido al agotamiento producido por su trabajo intelectual. Los tres conversan entre ellos como iguales y, cuando encuentren al gentil, cada uno de ellos hablará como un maestro al discípulo.

            El lugar de encuentro de los tres sabios es un lugar simbólico formado por una fuente y cinco árboles en cuyas flores aparecen palabras escritas, y por donde vagaba el gentil sin saber dónde estaba ni adónde ir. En medio de esta belleza y sosiego aparece una dama, que no es sino la Inteligencia. Ésta, de forma espontánea, explica a los sabios el sentido de los cinco árboles y de las palabras que aparecen escritas en sus flores. En sus explicaciones asienta los principios de la ciencia de los cinco árboles y sumerge a los sabios en un proceso de investigación. El primer árbol tiene las flores que significan las propiedades de Dios. El segundo árbol tiene en sus flores los nombres de las virtudes increadas del primer árbol y otras creadas por adquisición. El tercer árbol tiene en sus flores los nombres de las siete virtudes increadas del primer árbol y los siete vicios que se oponen.  El cuarto árbol tiene en sus flores las siete virtudes creadas. El quinto árbol tiene en sus flores las siete virtudes creadas y los siete pecados capitales.  Cada árbol tiene dos características o principios propios relacionados con los conceptos que hay en sus hojas. A su vez, todos los árboles tienen una correlación lógica entre sí, de modo que apreciamos todo un edificio lógico y ontológico, que fundamenta el Arte que Raimundo Lulio desarrolló para demostrar la verdad del cristianismo a través de la sola razón.

            Después de su explicación, la Dama Inteligencia prosigue su camino. Los sabios llegan a la conclusión de que se puede llegar al conocimiento certero de una sola y verdadera fe que una a todos los creyentes. En esto se encuentran con el gentil, el cual reconoce desconocer a Dios y los sabios, movidos por el amor (en sentido pedagógico) le enseñan las dignidades o atributos divinos. Los sabios acuerdan que el método de enseñanza sea el mismo que adoptó la Dama Inteligencia, y entonces cada uno de ellos procede a explicar su credo con el fin de que el gentil descubra que dicho credo es el verdadero y se adhiera al mismo. En el libro I, los sabios explican los atributos de Dios, los argumentos a favor de su existencia, etc. Aquí se habla, por tanto, de una teodicea válida y reconocible por parte de las tres grandes religiones monoteístas reveladas.

            El libro II contiene la exposición y enseñanza de la fe judía por parte del sabio hebreo. Aquí, Raimundo Lulio hace una exposición del credo mosaico, pero se aprecia que el conocimiento del mundo judío era bastante superficial o general por parte  del religioso mallorquín. En el libro III el sabio cristiano expone su fe, y en el libro cuarto lo hace el musulmán.  En el epílogo de la obra, el gentil hace un resumen de la exposición de los tres sabios, demostrando que ha atendido y escuchado bien a cada uno. El gentil muestra su gozo al ver que se le ha abierto el camino de la salvación y alaba a Dios, reconociendo sus atributos y virtudes que a través de los cinco árboles se le ha hecho comprender. Irrumpe en sollozos de alegría y da gracias a Dios. Aquí el gentil no se limita al campo teórico sino al práctico: este hallazgo le invita al compromiso y a transformar su vida de acuerdo a lo que ha aprendido. A estas alturas, se ha creado entre el gentil y los tres sabios una atmósfera sobre la ciencia divina, que los une pese a sus diferencias. El gentil se sorprende de que los sabios no le pidan que se pronuncie por cuál de los tres credos se decanta, pero los sabios no se lo demandan pues consideran que tal cosa impediría que pudieran seguir en esa atmósfera de debate y diálogo sobre la verdad divina. Los sabios se despiden del gentil y queda en ellos un vacío, pero acuerdan seguir profundizando en lo aprendido a través de la reflexión sobre los cinco árboles.